おっしゃる通り、Obsidianに大量のノートが蓄積されると「全部読み込ませたらトークンが溢れる…」と不安になりますよね。
対処の基本は、全情報を一括で読み込む設計にしないことです。
フォルダ構成を整理して「Claude Codeがどこを見れば何の情報にたどり着けるか」というルート(道筋)をあらかじめ設計しておくのがポイントになります。
必要な情報だけをピンポイントで参照できる構造にしておくことで、トークン消費を最小限に抑えられます。
また、Obsidianへの情報格納の際は、生の情報をそのまま入れるのではなくサマライズ(要約)してから保存するのが基本設計です。
あらかじめ凝縮された情報として格納しておくことで、読み込み時のトークン量を自然に減らせます。
さらに現在のClaude(Opus 4等)は、長くなったコンテキストを自動的に圧縮する機能を持っているため、以前のように手動でトークン数を気にしながら管理する手間も大幅に減ってきています。
フォルダ設計・サマライズ・自動圧縮の三つを組み合わせることで、実用的な運用が十分に実現できます。