ObsidianとClaude Codeを連携させる際に難しい設定は必要ですか？

特別な設定は不要です。

ObsidianはローカルのMarkdownファイルを管理するフォルダアプリに過ぎないため、「このフォルダのファイルを参照して」と指示するだけで連携できます。

Claude Codeは指定したローカルフォルダを読み書きできるので、Obsidianの保存先フォルダを指定するだけで自分の知識ベースと連携した自動化が実現します。